中国社科院财贸所副所长高培勇认为，按大改、中改和小改三种方案，成本分别为800亿、500亿和300亿元；中央财经大学税务学院副院长刘桓认为在500亿～800亿元之间，也可能达到1000亿元；而财政部财政科学研究所所长贾康则推算为接近2000亿元。
第一财经日报记者了解到，在推出东北地区试点时，国家税务总局曾经测算过，东北试点会减收150亿元。但是，受行业和增量抵扣等具体措施所限，在两年后总结东北试点经验时，从东北地区实际发生的固定资产进项税额总数来看，两年里总共减收约93亿元，平均每年不到50亿元，远比政策出台前的预测数据低。
对此，国家税务总局曾公开解释，实际数据偏低是因为预测发生的固定资产投资没有实际进行，直接减少了可抵扣税额，并且近年来企业投资也因受到宏观调控政策影响而减少；此外，许多大型技改项目都是在2004年7月1日实施新政策之前完成投资的。
据知情人士透露，在两个力推增值税转型的机构财政部和国家税务总局内部，测算口径和测算结果也有所不同，对改革步骤有一定保留的测算结果为1000亿～1500亿元，“三全”原则下的测算为1500亿～2000亿元。“这个成本不会超过2000亿元。”该人士说。
由于生产型增值税对高新技术企业和基础产业的发展起到较大的抑制作用，实行消费型增值税可以避免对企业重复征税，可以刺激企业设备更新和技术改造投资，可以刺激投资，拉动内需，促进企业技术更新改造，起到鼓励资本向资本密集型和高新技术产业流动的作用。这些活跃因素反过来又能带动其他税收的增长。
所以，杨志勇认为，动态算账在经济活跃情况下可能成本更低。反之，如果经济紧缩现象明显，经济不活跃自然付出的成本更高。
知情人士透露，增值税改革“几无变数”，由于距离明年1月1日仅有1个多月，各地税收系统需要尽快学习新规定，调整计税征税方式。所以，财政部和税务总局在接到国务院的批复后，会立刻发布通知开始执行。
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